No te entendí, piensas crear una nueva facción o piensas meter todos los jugadores en una sola facción.
Porque eso lo puedes hacer mediante modificaciones de archivos .dbc.
Pero si lo que buscas es hacer que un jugador cambie de facción, por ejemplo:
Tengo un draenei paladín alianza y quiero que sea elfo de sangre horda.
Tendrías que ejecutar el comando ".char changefaction" sobre el jugador.
Si sólo quieres que cambie de raza dentro de su misma facción, ejecutas el comando ".char changerace".